一方で、排仏毀釈がこれほど激しくなったのは、江戸時代は寺院がさまざまな特権を持っており寺社奉行による寺請制度で寺院を通じた民衆管理が法制化され汚職の温床となったことで、それに対する民衆の反発があったためである。藩政時代の特権を喪失したことによってもたらされた仏教の危機は、檀家制度に寄り掛かって腐敗の極みにあった仏教界の反省を促し、伝統仏教の近代化に結びついた。